การตรวจหาลำดับเบสดีเอ็นเอ | Next-Generation Sequencing (NGS)

ให้บริการ Whole genome sequencing ทั้งมนุษย์ พืช สัตว์ และแบคทีเรีย โดยบริการทั้ง re-sequencing และ De novo และให้บริการวิเคราะห์เปรียบเทียบการหาลำดับพันธุกรรมอ้างอิง หรือ assembly เพื่อระบุความผันแปรทางพันธุกรรม เช่น SNPs และ InDels นำไปใช้กับการศึกษาพันธุศาสตร์และวิวัฒนาการของมนุษย์เพื่อตรวจหาความแปรปรวนทางพันธุกรรมทั่วทั้งจีโนม ยีนก่อโรค และช่วยให้สามารถวิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรมและวิวัฒนาการได้

นอกจากนี้ยังสามารถนำไปใช้กับการวิจัยเกี่ยวกับมะเร็งและการกลายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องกับโรคได้ หรือนำไปใช้สำหรับการระบุยีนและเครื่องหมาย (markers) ของลักษณะ (traits) ที่สำคัญ เพื่อใช้ในการผสมพันธุ์ระดับโมเลกุล ปรับปรุงผลผลิตและการอนุรักษ์ทางการเกษตร

Sample Requirements

Whole exome sequencing

การหาลำดับ exome ทั้งหมด กำลังได้รับความนิยมในและเป็นทางเลือก ที่ได้ผลและคุ้มค่าสำหรับการหาลำดับพันธุกรรมทั้งหมดของมนุษย์ (WGS) BGI ได้ให้บริการการหาลำดับ exome เพื่อสนับสนุนการวิจัยทางชีวการแพทย์ และเพื่อประโยชน์ของการทดลองทางคลินิก หรือในการพัฒนา ยาทางเภสัชกรรม

Whole Genome Bisulfite sequencing

DNA Methylation เป็นเอพิเจเนติกส์ (epigenetic) ที่มีบทบาทสำคัญ ในกระบวนการทางชีววิทยาหลายอย่าง รวมถึง gene silencing, การยับยั้ง transposable elements, genomic imprinting และ X chromosome inactivation การตรวจจับและการหาปริมาณของ DNA Methylation มีความสำคัญต่อการทำความเข้าใจการแสดงออกของยีนและกระบวนการอื่นๆ ที่อยู่ภายใต้การควบคุมของเอพิเจเนติกส์ Whole genome bisulfite sequencing (WGBS) ใช้เพื่อตรวจหา DNA Methylation ด้วยโซเดียมไบซัลไฟต์ก่อนการหาลำดับ WGBS

ChiP-Seq

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) sequencing ใช้กันอย่างแพร่หลายในการวิเคราะห์ปฏิสัมพันธ์ของโปรตีนกับ DNA เพื่อศึกษา binding site ที่สนใจ โดยจะเป็นการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับ เอพิเจเนติกส์ (epigenetic)

STANDARD BIOINFORMATICS ANALYSIS

• Data filtering
• Alignment to the reference genome
• Peak scanning and annotation
• Identification of differential peaks between samples
• Identification of differential peaks between groups
• Differential peaks annotation

16S/18S/ITS Amplicon sequencing

16S และ 18S rDNA เป็นบริเวณที่แปรผันสูง (Hypervariable Region) ในแบคทีเรียและเชื้อรา ในขณะที่ ITS (Internal Transcribed Spacer) เป็น spacer DNA ที่อยู่ระหว่าง the small-subunit และ large-subunit rRNA gene ในแบคทีเรีย เชื้อรา และอาร์เคีย การเปรียบเทียบลำดับพันธุกรรมของบริเวณ 16S/18S/ITS ถูกนำมาใช้กันอย่างแพร่หลายในการศึกษาอนุกรมวิธานและวิวัฒนาการทางโมเลกุลเนื่องจากเพิ่มปริมาณได้ง่ายโดย PCR และความสัมพันธ์ใกล้เคียงกันมากในแต่ละสปีชีส์ (closely related species) ถึงแม้จะมีความแปรผันมาก

Standard Analysis

• Data filtration
• Overlap paired-end reads to form tags
• Tags are clustered into OTU. PCA, Venn diagram. A rank curve will be generated based on OTU abundance.
• Species are classified by OTU annotation, based on which a species profiling histogram, heat map and a phylogeny tree will be provided.
• Alpha diversity indexes are generated for in single sample.
• Beta diversity and clustering analysis are performed for multiple samples.
• Comparative analysis is used to screen significant differences in multiple sampless

Metagenomics survey

Metagenomics survey เป็นประยุกต์ whole genome shotgun sequencing ใช้หาลำดับพันธุกรรมของจุลินทรีย์ ที่แยกจากสิ่งแวดล้อม นอกจากจะสามารถระบุสัดส่วนและความชุกชุม ของสปีชีส์ได้แล้ว ยังสามารถระบุถึงยีนที่แตกต่างระหว่างตัวอย่าง, metabolic pathways และแหล่งที่มาขอยีนด้วย

STANDARD BIOINFORMATICS ANALYSIS

• Data filtering
• Alignment
• Metagenomic De Novo assembly
• Non-redundant gene catalogue
• Prophage transposable element prediction
• Functional annotation based on KEGG, CAZy, eggNOG, CARD
• Species composition and diversity analysis
• Quantitative and differential analysis of gene abundance
• Principal component analysis